中国海军的炮击，仅仅持续了一个小时就结束了。因为他们这一次带的特种炮弹不多，到现在已经全部使用光了，整个东京都已经被点燃了。随后，邓世昌才下令返航，离开东京湾，前往外海。东京湾太狭窄了，要是日本人趁夜用鱼雷艇发起偷袭的话，那中国海军可就很难抵挡了。
虽然中国海军的炮击结束了，但东京的大火却没有熄灭。此时正在吹着东南风，风助火势，使得大火向东京的其他地区蔓延着。加上东京的房屋大都为木制，消防设施又比较落后，即便东京的消防人员和军队用尽了全力，也在两天之后才扑灭了大火。此次的大火，整个东京几乎被烧掉了五分之一，数万人在大火之中丧生，二十万人无家可归。最重要的是，日本天皇黑内阁高层们，都完全胆怯了。中国海军一次就能够毁掉五分之一个东京，如果多来几次的话，整个东京都会毁于一旦啊！
尽管心里非常愤怒和不愿，但明治天皇经过和大臣们的商议之后，不得不发电部给远在北京的伊藤博文，要求他尽快展开和中国方面的谈判，早日签署和平条约。
“首相阁下，对于贵国这种肆意屠杀平民的行为，我国政府对此提出抗议！要求贵国立刻停止这种惨无人道的行为！并且赔偿我国的损失。”在6月14日恢复的中日谈判之中，伊藤博文大声的斥责道。
“这只不过是正常的交战行动而已。我们也没有想到会为东京造成损坏。不过，这和贵军在辽东制造的惨案相比，根本就是小巫见大巫。并且，我郑重的告诉伊藤阁下，如果贵国不同意我国提出的和平条件的话，那么，战争就会一直持续下去，直到整个日本都变成废墟！”梁兴荣毫不退让的说道。
伊藤博文嚣张的气势一下子就萎缩下去了，不过，为了减少日本的损失，他还是说道：“贵国提出的条件太苛刻了，我国实在难以接受。”
“那非常的遗憾，这已经是我国的底线了，不会再降低了！”梁兴荣毫不犹豫的拒绝道。
随后，双方又展开了新一轮的争执，不过，无论伊藤博文怎么说，在关键问题上，中国方面就是不松口。最终，经过了两天的激烈谈判之后，双方终于达成了一致。只不过，主体的条件依旧是之前中国方面提出的那六点，只在一些小的方面进行了修改。比如，横滨是东京的门户，日本拒绝开放这个口岸。八丈岛距离东京湾太近，日本方面拒绝割让等等。这些都是小问题，梁兴荣、伍廷芳和蔡云商量了一下之后，都同意了日本方面的要求。
6月16日，中国代表梁兴荣和日本代表伊藤博文在北京正式就《中日北京条约》签署了名字并互换了条约。至此，中日战争就此结束。
条约的主要内容如下：
第一，日本承认战败，对中国道歉！
第二，日本赔偿中国战争赔款及国家和人民的损失两亿英镑！
第三，日本割吐噶喇群岛，大隅诸岛，小笠原群岛等岛屿给中国！
第四，日本必须放回琉球国王尚泰，琉球向来都是中国的属国，岂容日本占领。
第五，日军退出辽东半岛和朝鲜半岛。
第六，开放长崎、广岛、大阪和名古屋为通商口岸，中国人在这些通商口岸想要治外法权。
第七，至条约签署日起，中日两个停止战争行动。
其中，有关战争赔款的细则规定这两亿英镑，日本首付一亿英镑，剩余的一亿英镑分为五年还清，利息为五厘。在中日北京条约签署之后，英法美三国就向日本提供了贷款，用于日本偿还中国的战争赔款。五天过后，第一笔一亿英镑的战争赔款就已经到了中国手中。
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